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生物信息学与药物设计实验室提供了一个集成的生物信息学分析和药物设计平台,侧重于以下五个方面:构建一个全面和大型的生物医学数据仓库;数据挖掘技术提取,从大量的生物学数据中提取有用的结果;承担组学分析,包括蛋白质组学和代谢组学;处理用于存储,检索和分析生物数据的方法,如核酸和蛋白质序列,结构,功能,通路和遗传相互作用的方法;使用生物信息学工具进行计算机辅助药物设计( CADD )技术研究。

 

 

Ø 生物医学数据库

我们收集整合多种层面的生物医学数据库的信息构建了生物医学数据库。现有的生物医学数据库包括SinoMed, PubMed, OMIM, GO, NCI pathway interaction database, MeSH, PubChem, TCMDB, PDB, ChEMBL, PharmaGKB, TTD, DrugBank, UniProt, UMLS 和 KEGG.

 

Ø 数据挖掘

基于生物医学数据库,典型的文本挖掘任务包括文本分类,文本聚类,概念/实体抽取,情感分析和文件总结以从这些文本数据获取高质量信息。


 

Ø 蛋白质组和代谢组分析

该实验室提供了一个全面的蛋白组学和代谢物组学分析平台。气相色谱(GC)和高效液相色谱(HPLC)这两种广泛使用的方法被用于实验室中。此外,质谱(MS )被用于定量HPLC和GC分离后的代谢产物。一些统计学软件被用于MS的数据分析。


 

Ø 生物信息学分析

通过应用计算密集型技术,我们开发了新的算法和统计方法,用以评估的大数据集的成员之间的关系,以增加对生物过程的理解。一些商业软件,比如ingenuity pathway analysis (IPA)也被用于网络分析,比较分析,上游调控因子分析,机械网络和通路分析。


 

 

Ø 计算机辅助药物设计

基于对小分子,蛋白质,和核酸机构的理解,我们使用计算机辅助药物设计技术(CADD)来发现和设计用于治疗的活性分子。为了进一步理解药物/药物组合在生物网络中作用机制,我们发展了基于结构的技术以识别药物/药物组合的分子靶点。

 













  郑光博士 (Ph.D.)

   ◆ 副教授 (内地职位)
   ◆ 专业:生物信息学
   ◆ 电邮: forzhengguang@163.com






 黄涛 (M.S.)

  ◆ 博士生
  ◆ 专业:生物信息
  ◆ 电邮: thuangsh@gmail.com





  何冰 (M.S.)

  ◆ 博士生
  ◆ 专业:生物信息
  ◆ 电邮: hebinghb@gmail.com




  王茂林 (M.S.)

  ◆ 博士生

  ◆ 专业:生物信息

  ◆ 电邮: wangml1240@163.com











Ø  设备名称:  IBM X3650 M4服务器

Ø  地点: 北京, IBRCM, 307房间

Ø  技术员: 郑光博士 (forzhengguang@163.com)

Ø  参数: 结构: RAID5 HDD 1.5T硬盘 / 至强 E5620*2 处理器/ Ethernet 1G*2网卡 / Windows Server 2003 Enterprise Edition 操作系统/ SQL Server 2008数据库. 在线服务: 数据挖掘.







Ø  设备名称: IBM X3500 M3服务器

Ø  地点: 兰州网络中心107房间

Ø  技术员: 郑光博士(forzhengguang@163.com)

Ø  参数: 结构: RAID5 HDD 10T 硬盘/ 至强 E5-2620*2 处理器/ Ethernet 1G*2 网卡/ Windows Server 2008 R2 Enterprise  Edition 操作系统/ SQL Server 2008 R2数据库. 在线服务: 生物医学数据存储仓库和数据挖掘.







Ø 仪器名称:超高压高效液相色谱仪与高精密度质谱联用仪器

Ø 位置:赛马会中医药学院大楼707室

Ø 技术人员: 陈志良先生 (clchan@hkbu.edu.hk)

Ø 仪器描述:高速度和高灵敏度的定性和定量检测仪器。安捷伦6540 Q-TOF LC / MS系统提供最低检测线及高分辨率的液质联用仪器。有史以来第一次,我们可以实现低毫克级的灵敏度、高分辨率和精准分子量检测。该仪器是制剂和代谢物研究、蛋白质组学、代谢组学、食品安全、取证、毒理学和环境检查应用的理想工具。








Ø 仪器名称:气相色谱仪配备电子检测器和离子阱质谱(GC-ECD /离子阱MS)联用仪
Ø 位置:赛马会中医药学院大楼707室

Ø 技术人员: 陈志良先生 (clchan@hkbu.edu.hk)

Ø 仪器描述:6300系列TrapLC/MS仪器是完整的LC / MS / MS系统。硬件包括一个安捷伦1200系列LC,离子阱质谱仪和数据分析系统。另外,离子阱LC / MS仪器都配有一个注射器泵,具有低速或高速流直接注样功能。软件包括程序控制、数据采集、数据分析、定量分析、样品自动进样和液相控制。







Ø 仪器名称:高效液相色谱-喷雾电离源电离检测联用仪器

Ø 位置:赛马会中医药学院大楼707室

Ø 技术人员: 陈志良先生 (clchan@hkbu.edu.hk)

Ø 仪器描述:电喷雾电离(ESI)技术是将LC / MS用于分析大小分子量的物质,可以获得良好的灵敏度和强度、可靠的性能。它可以产生阳离子和阴离子,离子极性可以重复扫描,得到两倍的信号强度







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